Bunyan teve pouca educação escolar. Ele seguiu o seu pai no comércio de Tarish Tinker, e serviu no exército parlamentário de Newport Pagnell (1644–1647); em 1649 ele casou-se com uma jovem mulher. Viveu em Elstow até 1655 (quando sua esposa morreu) e então se mudou para Bedford. Ele se casou de novo em 1659.
Em sua autobiografia, Grace Abounding (“Abundante Graça”), Bunyan descreve a si mesmo como tendo conduzido uma vida abandonada em sua juventude; mas não existe nenhuma evidência que ele era pior que seus vizinhos: o único defeito que ele especifica é a profanação, além da dança e persuasão. O surpreendente poder de sua imaginação o levou a contemplar atos de impiedade e profanação, e a uma vívida realização dos perigos por eles envolvidos. Em particular ele era atormentado por uma curiosidade concernindo o “pecado imperdoável,” e uma preposição que ele já o havia cometido. Ele continuamente ouvia vozes alertando-o a “vender Cristo,” e era torturado por temerosas visões. Depois de severos conflitos espirituais ele escapou desta condição e se tornou um entusiástico e assegurado devoto. Ele foi recebido na igreja Batista em Bedford por imersão no River Great(Rio Grande) Ouse em 1653. Em 1655 ele se tornou um diácono e começou a pregar, com marcante sucesso desde o início.
Bunyan discordava fortemente dos ensinos da Sociedade dos Amigos e tomou parte, durante os anos 1656-1657, em debates escritos com alguns de seus líderes. Primeiramente, Bunyan publicou “Some Gospel Truths Opened” (“Algumas Verdades do Evangelho Abertas”) na qual ele atacou crenças Quaker. O Quaker Edward Burrough respondeu com “The True Faith of the Gospel of Peace” (“A Verdadeira Fé do Evangelho da Paz”). Bunyan refutou o panfleto de Burrough com “A Vindication of Some Gospel Truths Opened” (“Uma Vindicação de Algumas Verdades do Evangelho Abertas”), respondida por Burrough com “Truth (the Strongest of All) Witnessed Forth” (“Verdade, A Mais Forte de Todas, Testemunhada Adiante”). Depois o líder Quaker George Fox entrou na rixa verbal publicando uma refutação à redação de Bunyan em sua obra “The Great Mystery of the Great Whore Unfolded” (“O Grande Mistério da Grande Prostituta Desvendado”).
Em 1658 Bunyan foi processado por pregar sem uma licença. Não Obstante, ele continuou a pregar e não sofreu um aprisionamento até Novembro de 1660, quando foi levado à cadeia municipal de Silver Street, Bedford. Ali ele ficou detido por três meses, mas, por se recusar a se conformar ou desistir de pregar, seu encarceramento foi estendido por um período de aproximadamente 12 anos (com exceção de algumas poucas semanas em 1666) até Janeiro de 1672, quando Carlos II emitiu a Declaração de Indulgência Religiosa.
Naquele mês, Bunyan se tornou pastor da igreja de Bedford. Em Março de 1675, ele foi novamente aprisionado por pregar, desta vez no cárcere de Bedford, localizado na ponte de pedra sobre o rio Ouse, porque Carlos II havia anulado a Declaração de Indulgência Religiosa. (O mandado original, descoberto em 1887, foi publicado em fac-símile por Rush and Warwick, London). Após seis meses ele foi liberto e devido a sua popularidade, não mais foi molestado.
A caminho de Londres Bunyan foi acometido por um forte resfriado, e morreu de febre na casa de um amigo em Snow Hill no dia 13 de Agosto de 1688. Seu túmulo está localizado no cemitério de Bunhill Fields em Londres.
Bunyan escreveu O Peregrino em duas partes, a primeira foi publicada em Londres em 1678 e a segunda em 1684. Ele havia iniciado a obra durante seu primeiro período de aprisionamento, e provavelmente terminou-a durante o segundo período do mesmo. A edição mais recente em que as duas partes foram combinadas em um único volume foi publicada em 1728. Uma terceira parte falsamente atribuída a Bunyan apareceu em 1693, e foi reimpressa em 1852. Seu nome completo é The Pilgrim’s Progress from This World to That Which Is To Come (“O Progresso do Peregrino deste Mundo Àquele que está por Vir”).
Bunyan escreveu cerca de 60 livros e folhetos, dos quais The Holy War (“A Guerra Santa”) é o segundo em popularidade, atrás de O Peregrino, enquanto Grace Abounding (“Abundante Graça”) é uma das biografias mais interessantes já escritas.